El Mons. Rafael Romo Muñoz nació en Torreón, Coahuila el 22 de noviembre de 1940. Al terminar la primaria ingresó al Seminario de Saltillo en el año de 1953. Cinco años después pasó al Seminario Mexicano de Montezuma en Nuevo México, E.U. donde cursó la Filosofía.
Volvió a Torreón por un año escolar, de 1961 a 1962, colaborando en la fundación del Seminario de Torreón.
Cursó la Sagrada Teología en la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma durante el Concilio Vaticano II obteniendo la Licenciatura en Teología Dogmática.
Su ordenación sacerdotal fue el 28 de noviembre de 1965 en la ciudad de Roma, por ministerio del Excelentísimo Señor Obispo Don Fernando Romo Gutiérrez (q.e.p.d.).
De 1966 a 1969 inició su ministerio pastoral como vicario cooperador en la parroquia foránea de San Pedro Apóstol.
En 1969 fue nombrado Director Espiritual del Seminario de Torreón.
Cuatro años después regresó a Roma para hacer estudios especiales de Teología Moral, que concluyó en 1977 en la Academia Alfonsina, obteniendo la licenciatura en Teología Moral, quedando inscrito para el doctorado.
De regreso a Torreón fue nombrado Rector del Seminario Diocesano, cargo que tuvo durante 17 años.
En 1993 fue designado Presidente de la Organización de Seminarios de México (OSMEX), y vocal de la Organización de Seminarios Latinoamericanos (OSLAM), cargo que automáticamente dejó al ser solicitado en Roma para hacerse cargo de la Dirección Espiritual en el Pontificio Colegio Mexicano en Roma, a partir de 1995.
Este cargo lo deja nuevamente con motivo de su nombramiento Episcopal a la Diócesis de Tijuana, donde fue consagrado IV Obispode Tijuana el día 24 de febrero de 1996 por el Señor Arzobispo Don Jerónimo Prigione, entonces Nuncio Apostólico de México.
El 25 de noviembre de 2006 el Santo Padre Benedicto XVI elevó la Diócesis de Tijuana a sede metropolitana de la recién creada Provincia de Baja California, confirmándolo como a su primer Arzobispo. Esto se hizo oficial el 29 de enero de 2007.
Posteriormente fue el encargado por dos periodos continuos de la Dimensión de Movilidad Humana (atención a migrantes) en el Episcopado Mexicano. En 2015-2016 formó parte del consejo de la Conferencia del Episcopado Mexicano.
El 22 de noviembre de 2015 presentó su renuncia al Santo Padre, misma que acepto el 16 junio de 2016, desde ese día hasta el 11 de agosto fue el Administrador Episcopal de la Arquidiócesis.